Windows Server 2008 R2も同様です。

Windows7 でシャットダウン時に"Task Host Window"が待機中になるという話。
ウチでは Windows Server 2008 R2 でも毎回起こるので、結構根の深い問題ではないかと。

Windows 開発統括部 Blog : シャットダウン時に、Task Host Window が待機中というメッセージがでる場合がある問題